Der Fischotter besiedelt alle vom Wasser beeinflussten Lebensräume. Durch den Menschen entstandene Sekundärlebensräume werden genauso angenommen wie Bäche, Flüsse und Weiher. Voraussetzungen sind sauberes Wasser, gutes Nahrungsangebot und Strukturvielfalt der Gewässer und ihrer Uferbereiche. Notwendige Strukturen sind beispielsweise Flachwasserzonen, Kolke, über das Wasser ragende Steine, Sandbänke, Schilf- und Röhrichtzonen und Ufergehölze. Die Größe des benötigten Lebensraumes variiert mit dessen Qualität und je nach Jahreszeit. Ein einzelner Otter benötigt jedoch immer große Reviere von mehreren Kilometern Gewässerstrecke, männliche Tiere durchaus 15 bis 20 km. Die Reviere der Weibchen sind kleiner, oft liegen mehrere in einem Männchenrevier.